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Huîtres & Crevettes

Taxonomie

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Charles Linné

     C’est Charles Linné (Carl Linnæus, puis à partir de 1762 Carl von Linné ; naturaliste suédois ; 1707-1778) qui fût à l’origine du système moderne de la nomenclature binominale acceptée par la communauté scientifique internationale.

     Dans le monde des vivants, on distingue1 de nos jours 7 règnes (catégories majeures) inscrits dans 2 empires (classifications générales), selon le taxonomiste2 Ruggiero (2015) :

1. Les PROCARYOTES (Prokaryota, anciennement les « monères ») – Ce sont les micro-organismes unicellulaires dont la structure cellulaire ne comporte pas de noyau, et presque jamais d’organites3 membranés. Cet empire inclut :

1.1. Les Bactéries (nom vernaculaire désignant certains organismes vivants microscopiques) – Elles sont le plus souvent unicellulaires et vivent en communautés.

1.2. Les Archées (Archaea) – Ce sont des organismes unicellulaires d’origine primitive, c’est-à-dire constitués d'une cellule unique ne comprenant ni noyau, ni organites.

2. Les EUCARYOTES (Eukaryota) - Ce sont tous les organismes unicellulaires et (surtout) multicellulaires qui se caractérisent par la présence d'un noyau et généralement d’organites spécialisés dans la respiration (principalement, les mitochondries).

2.1. Les Protozoaires (Protozoa) – Ce sont les protistes (généralement unicellulaires sans tissus spécialisés) qui ingèrent leur nourriture par phagocytose4.

2..2. Les Chromistes (Chromista) Ce sont des organismes uni- et pluricellulaires photosynthétiques, pour la plupart, qui sont moins diversifiées que les algues vertes, mais plus que les algues rouges.

2.3. Les Plantes (Plantae) – Ce sont des organismes photosynthétiques et autotrophes, caractérisés par des cellules végétales.

2.4. Les Champignons (Fungi aussi appelés Mycota, Mycètes ou Fonge) - Ce sont des organismes microscopiques invisibles à l'œil nu, microchampignons unicellulaires (levures), pluricellulaires (moisissures), jusqu'aux champignons supérieurs dotés le plus souvent d'un pied et d'un chapeau qui sont récoltés par exemple en forêt.

2.5. Les Animaux (Animalia) – Ce sont des êtres vivants « animés », hétérotrophes5 (qui se nourrissent de substances organiques) et possédant du collagène6 dans leurs matrices extracellulaires. Ce sont des êtres complexes et multicellulaires.

     Il faut remarquer que les virus sont maintenant classés selon leur stratégie de réplication, c'est-à-dire suivant la nature de l’acide nucléique7 de leur génome (ADN ou ARN), ainsi que la structure et la forme de l'acide nucléique. Les données morphologiques peuvent également être prises en compte (présence ou absence d'enveloppe, symétrie de la capside8). Souvent la mise en évidence d'antigènes9 structuraux est aussi utilisé pour raffiner la définition des différences entre virus très proches.

     En 2018, une classification phylogénétique s’est affirmée avec la reconnaissance par le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV) du regroupement des virus à ARN simple brin à polarité négative en un Embranchement, deux Sous-embranchements et six Classes.

     A continuation, voici comment la communauté scientifique internationale établit généralement (à partir de 2017) le classement en catégories hiérarchisées (par ordre décroissant) pour chaque unité vivante. Chaque catégorie est appelées taxon, d’où le nom de taxonomie.

MONDE DES VIVANTS

  Super-règne, Empire, Domaine (du latin Superregnum, Imperium, Dominium)

    Règne (Regnum)*

      Sous-règne (Subregnum)**

        Rameau (Ramus, « branch » en anglais)**

          Infra-règne (Infraregnum)*

            Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)**

               Embranchement (Phylum, Divisio)

                    Sous-embranchement ou Sous-division (Subphylum, Subdivisio)**

                      Infra-embranchement (Infraphylum)**

                        Micro-embranchement (Microphylum)**

                          Super-classe (Superclassis)**

                        Classe (Classis)*

                               Sous-classe (Subclassis)**

                                 Infra-classe (Infraclassis)* 

                                   Super-ordre (Superordo)*

                               Ordre (Ordo)

                                       Sous-ordre (Subordo)**

                                         Infra-ordre (Infraordo)**

                                           Micro-ordre (Microordo)**

                                             Super-famille (Superfamilia)**

                                        Famille (Familia)

                                                  Sous-famille (Subfamilia)**

                                                    Tribu (Tribus)**

                                                      Sous-tribu (Subtribus)**

                                               Genre (Genus)

                                                          Sous-genre (Subgenus)**

                                                            Section (Sectio)**

                                                              Sous-section (Subsectio)**

                                                       Espèce (Species)

                                                         Sous-espèce (Subspecies)**, dernier rang zoologique officiel

                                                          Variété (Race, Varieta)***

                                                                          Sous-variété (Sous-race, Subvarieta)***

                                                                             Forme (Forma)****

                                                                              Sous-forme (Subforma)****

Notes :      * en pratique, rangs les plus mentionnés ;

               ** pas toujours utilisés ;

             *** rangs informels (animaux domestiques principalement) ; sans nom scientifique, car non régis

                    par le code international de nomenclature zoologique (CINZ) ;

           **** derniers rangs en mycologie.

     Pour désigner chaque organisme vivant, les noms que nous connaissons habituellement en français ne sont autres que des noms vernaculaires, indigènes, communs ou vulgaires.

     Dans le système de nomenclature « binomial », le latin est d’usage pour désigner scientifiquement ces mêmes organismes. Le genre commence toujours par une lettre capitale et s’écrit en lettres italiques. Lespèce s’écrit également en italique, est le deuxième nom latin et commence toujours par une minuscule. Si vous prenez par exemple la « truite » de la famille des Salmonidae, son nom scientifique est Salmo trutta (de genre Salmo et despèce trutta). Le « saumon atlantique » a pour nom Salmo salar et le « saumon coho » (du Pacifique) celui d’ Oncorhynchus kisutch.

     De plus, le nom du genre auquel l’espèce appartient peut être suivi d'un terme caractérisant cette espèce : ce peut être un adjectif relatif à celle-ci, son nom vernaculaire en latin, son pays ou sa région d’origine, le nom de son découvreur ou d’un scientifique à qui l’on veut rendre hommage, etc. Ainsi, Salmo trutta Linnaeus, 1758 ; Salmo salar Linnaeus, 1758 ; et Oncorhynchus kisutch Walbaum, 1792.

     Prenons les exemples suivants, plus proches de notre contexte :

I. Nos HUITRES CREUSES Crassostrea gigas sont ainsi classifiées :

Règne : Animalia

   Sous-règne : Eumetazoa

      Infra-règne : Protostomia

         Embranchement : Mollusca (1)

             Classe : Bivalvia

                 Sous-classe : Autobranchia

                    Infra-classe : Pteriomorphia

                       Ordre : Ostreida

                          Super-famille : Ostreoidea

                             Famille : Ostreidae

                                Sous-famille : Crassostreinae

                                   Genre : Magallana (alias Crassostrea)

                                      Espèce : gigas

...d’où le nom de Magallana gigas, alias Crassostrea gigas, Thunberg, 1793, si l’on souhaite mentionner aussi celui qui le premier l’a découvert/désigné.

(1) comprend (français/anglais/espagnol):

- les gastropodes (escargots/snails/caracoles, limaces/slugs/babosas, bigorneaux/periwinkles/bígaros);

- les bivalves (palourdes/clams/almejas, huîtres/oysters/ostras, coquilles Saint-Jacques/Scallops/vieira);

- les céphalopodes (octopodes/octopods/pulpos, encornet=calmars/squids/calamares et d’autres petites classes).

II. D’autre part, l’HUITRE PLATE Ostrea edulis est classée comme suit :

Règne : Animalia

   Sous-règne : Eumetazoa

      Infra-règne : Protostomia

         Embranchement : Mollusca

              Classe : Bivalvia

                  Sous-classe : Autobranchia

                     Infra-classe : Pteriomorphia

                        Ordre : Ostreida

                           Super-famille : Ostreoidea

                              Famille : Ostreidae

                                 Sous-famille : Ostreinae

                                    Genre : Ostrea

                                       Espèce : edulis

...d’où le nom d’ Ostrea edulis Linnaeus, 1758.

III. Nos CREVETTES (GAMBAS ; d’eau marine) sont ainsi répertoriées :

Règne : Animalia

   Embranchement : Arthropoda

       Sous-embranchement : Crustacea

          Class : Malacostraca

             Sous-classe : Eumalacostraca

                Super-ordre : Eucarida

                   Ordre : Decapoda

                      Sous-ordre : Dentrobranchiata

                         Infra-ordre : Caridea

                            Super-famille : Penaeoidea

                               Famille : Penaeidae

                                  Genre : Penaeus

                                     Espèce : japonicus

...donnant Penaeus japonicus Spence Bate, 1888.

Références :

     __________________________________

1 Anciennement, la classification se limitait à 5 catégories : monères, protistes, champignons, végétaux & animaux.

2 Vient du mot international « taxonomy » ou « taxonomía » (taxinomie, en France) désignant la classification scientifique ou systématique dans le domaine biologique ou monde des vivants (plantes/botanique et animaux/zoologie)

3 Organites = compartiments différenciés qui travaillent en coopération et qui ont des fonctions bien précises dans la cellule. Ils comprennent essentiellement :

  • le réticulum endoplasmique le lieu de synthèse des protéines secrétées à l'extérieur de la cellule et de celles, ainsi que des lipides, constituant les membranes) ;

  • l’appareil de Golgi la zone de transit et réservoir pour les protéines et lipides ;

  • les lysosomes la « poubelle » cellulaire où les molécules non fonctionnelles sont éliminées par digestion ;

  • les peroxysomes le détoxifiant cellulaire ; et

  • les mitochondries → le lieu de la respiration cellulaire et production d’ATP (l’adénosine tri-phosphate) qui emmagasine et transporte l’énergie.

(Note : consultation faite au website, fort bien présenté, de futura-sciences.com)

4 Propriété de capturer/englober et de détruire les microbes en les digérant.

5 Terme qualifiant un organisme incapable de synthétiser lui-même ses composants et qui fait appel à des sources de matières organiques exogènes (provenant de l'extérieur).

6 Protéine fibreuse présente dans la matrice extracellulaire (os, cartilage, tissu conjonctif des poumons, muscles et parois des vaisseaux) qui est responsable de la cohésion/du soutien des tissus.

7 Grosses molécules relativement complexes ayant une très grande importance dans le règne de la vie. Il existe deux types d’acides nucléiques : l’acide désoxyribonucléique ou ADN et l’acide ribonucléique ou ARN. L’ADN contient l’information génétique (le génome) et ne peut sortir du noyau cellulaire. l’ARN est la copie de l'ADN (souvent en un seul brin, alors que l'ADN est une double hélice = deux brins) et joue plusieurs rôles : il est le messager qui copie l'information génétique de l'ADN, mais il peut aussi être un catalyseur, d’où sa capacité à former des structures complexes. Il est exporté du noyau par les pores nucléaires pour fournir l'information et permettre la synthèse des protéines par les ribosomes.

8 Ensemble de molécules protéiques qui enveloppent la molécule d'acide nucléique d'une particule virale et qui donne sa forme au virus.

9 Toute substance étrangère à l'organisme capable de déclencher une réponse immunitaire visant à l'éliminer, autrement dit une substance qui peut engendrer des anticorps.

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